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要清理iPhone上的所有短信，可以按照以下步骤操作。
批量删除短信
1、打开“信息”应用，并找到需要删除的短信对话。
2、在对话界面中，向左滑动要删除的短信，会出现“删除”按钮。
3、点击“删除”按钮，即可将该短信对话删除，若需要一次性删除多个对话，可以在对话列表中重复此操作。
方法二：通过iTunes备份恢复并删除所有短信
1、使用USB数据线将iPhone连接到电脑。
2、启动iTunes，选择设备图标，点击“恢复备份”。
3、选择一个最近的备份日期，从备份中恢复数据会删除所有当前存在于iPhone上的数据，包括短信，完成恢复后，所有短信将被重置。
方法三：使用iCloud备份覆盖现有数据
1、进入iPhone的“设置”，点击“通用”，选择“重置”，再选择“从iCloud备份恢复”。
2、选择一个最近的备份从iCloud下载并恢复数据，这样也可以达到删除所有短信的效果，但同样需要注意，这将删除所有当前存在手机上的数据。
在执行任何数据删除操作之前，请确保已备份所有重要信息，以防意外丢失，根据手机版本和iOS系统更新，操作细节可能略有不同，如果仍有疑问或遇到困难，建议咨询苹果官方客服或前往苹果专卖店寻求帮助。